Die Geschichte spielt in Japan vor unserer Zeit. Der junge gutherzige Held Kubo lebt in einer Stadt am Meer und kümmert sich um seine Mutter, seit sein Vater verstorben ist. Er lebt ein bescheidenes Dasein als Geschichtenerzähler, zu dessen Zuhörern auch Hosato, Akihiro und Kameyo gehören. Doch Kubos recht ruhige Existenz zerbricht mit einem Schlag, als er versehentlich einen Geist aus seiner Vergangenheit beschwört und dieser voller Zorn auf die Erde hinab stürmt, um eine uralte Blutrache zu vollstrecken.